在北京，申请办理三类医疗器械许可证需要按照以下步骤进行：

1. 准备申请材料：根据《医疗器械监督管理条例》和相关规定，准备好相关的申请材料，包括企业法人营业执照、产品质量管理体系文件、产品注册证明、产品技术文件、产品使用说明书、生产许可证明等。

2. 自查准备：对企业内部的质量管理体系进行自查，确保符合医疗器械相关的质量管理要求，如生产工艺、生产设备、人员素质、质量控制、设备检测等。

3. 咨询指导：可以在中国国家药品监督管理局（CFDA）的guanfangwangzhan上查询相关政策和流程，也可以联系北京市食品药品监督管理局或相关部门了解详细的申请要求和指导。

4. 申请递交：将准备好的申请材料递交给北京市食品药品监督管理局或相应的区县级药监部门。

5. 审核及评审：申请材料递交后，相关部门会进行审核和评审，包括对质量管理体系的合规性、产品技术的合规性、生产场所的合规性等方面的审查。